Bộ sách được xem là một trong những công trình nghiên cứu đặc sắc nhất thời nhà Nguyễn, được người đương thời đánh giá cao và tin cậy vào độ sử liệu của chúng, và coi như một tác phẩm kinh điển và ở khía cạnh nào đó là tác phẩm chính thức về Nam Bộ dưới góc độ địa lý và lịch sử, quan lại Nam Bộ hầu như đều phải nắm rõ sách này[2]. Các sử gia triều Nguyễn đã dựa vào sách này để soạn các bộ: Đại Nam thực lục (Tiền biên), Đại Nam liệt truyện (Tiền biên), Đại Nam nhất thống chí (phần Lục tỉnh Nam bộ). Năm 1862, sau khi thực dân Pháp chiếm được ba tỉnh miền Đông Nam kỳ gồm Gia Định, Định Tường, Biên Hòa đã tổ chức biên dịch ngay sách này thành tiếng Pháp để phục vụ cho công cuộc khai thác thuộc địa của họ. Tại Trung Quốc, sách này cũng được xuất bản cùng với Lĩnh Nam trích quái, và Hà Tiên trấn Hiệp trấn Mạc thị gia phả năm 1991 nhằm giúp hiểu rõ hơn về lịch sử di dân sang Việt Nam của người Trung Quốc vào đầu thời nhà Thanh.

Gia Định thành thông chí là sách đầu tiên mô tả kỹ lưỡng sông núi miền Nam, cũng như mô tả kỹ càng các khu vực hành chính Gia Định từ trấn, phủ tới thôn, lân; các sách địa chí đời sau, như Đại Nam nhất thống chí ở đời Tự Đức cũng không mô tả kỹ hơn[5]. Tên các núi, sông được ghi bằng chữ Hán và chú thêm chữ Nôm, rất tiện lợi cho việc tra cứu, không như các sách địa chí từ thời Minh Mệnh trở về sau chỉ chép tên dịch nghĩa bằng chữ Hán, ví dụ Chợ Củi chép thành Sài Thị[5]. Trong chương Phong tục, tác giả đã kỹ lưỡng trong việc chú giải cách phiên âm chữ Nôm của mình: Nếu gặp quốc âm hay tên địa phương thì cũng lấy trong sách chữ Hán có âm y hệt hay na ná rồi thêm vào trên đầu hay bên hông trái, khi thì bộ sơn để chỉ chữ thuộc núi non, bộ điểu thuộc chim chóc, bộ mộc thuộc cây cối, bộ thảo thuộc hoa cỏ...[3].

Tuy vậy, tác giả ảnh hưởng căn bản của Hán học nên dựa vào khá nhiều vào thư tịch Hán văn khi phân tích hay mở đầu các chương, Đào Duy Anh đánh giá những phần này ít có giá trị thiết thực, chẳng hạn như phần về thiên văn[4].

G. Aubaret phê phán tác giả thiếu hiểu biết về khoa học khi cho rằng bệnh sốt rét phổ biến ở đất Gia Định là do khí hậu.[7]